En 1987, elle enregistre un disque hommage à Félix Leclerc intitulé «Merci Félix». L'album paraît l'année suivante, quelques mois avant la mort de Félix Leclerc. L'album est produit par Guy Cloutier. Toujours avec Guy Cloutier, Johanne enregistre un disque éponyme en 1989 qui inclut le succès «Dors Caroline», écrit et composé par Pierre Flynn. Elle reçoit un Félix à l'ADISQ la même année pour cet album. En 1990, elle enregistre avec Yves Lapierre l'album «Sainte Nuit» qui sera certifié platine. Entre-temps, Johanne compose elle-même son album «Entre l'amour et la guerre», qui paraît en 1992 et qui est son dernier album avec Guy Cloutier. En 1993, elle concevoit le collectif «Au nom de l'amour» avec des artistes invités pour lutter contre le sida. La même année, dans sa maison d'Outremont, elle présente l'album «Souviens-moi» sur sa propre étiquette qui répond au nom de L'Étoile du Nord. «Souviens-moi» contient les plus belles chansons du répertoire français. En 1994, elle enregistre «Johanne Blouin chante Noël», toujours avec Yves Lapierre. Ce disque sera certifié or. Suivra peu après l'album «Elle le dira». En 1996, Guy Cloutier présente la compilation «De Félix à Aujord'hui», faite sans le consentement de l'étiquette de l'artiste. Guy Cloutier doit retirer l'album du marché immédiatement peu après la sortie de l'album.
En 1997, Johanne Blouin est entourée d'un nouveau gérant, Michael Roy, et elle enregistre l'album «Noëls d'espoir» avec le pianiste français Michel Legrand. Au printemps 1998, elle lance «Que veux-tu que j'te dise?», dernier disque à paraître sur étiquette L'Étoile du Nord. Ce disque rend hommage à Jean-Pierre Ferland. Deux albums avec Vic Vogel suivent peu après: «Everything must change» (2000) et «Until I Met You» (2004). Johanne lance un nouvel album de Noël en 2006 intitulé «Noël avec Johanne Blouin».
